Секвенування нового покоління — високопродуктивне тестування ДНК

Секвенування нового покоління — це високопродуктивна діагностична платформа, яка паралельно визначає точну нуклеотидну послідовність мільйонів молекул ДНК або РНК. В онкології її застосовують для дослідження пухлинних зразків або циркулюючої пухлинної ДНК на наявність патогенних змін, зокрема точкових мутацій, інсерцій, делецій, варіацій кількості копій та структурних перебудов у сотнях пов'язаних із раком генів.

Завдяки одночасному аналізу розширених генних панелей, повного екзому або цілих геномів, NGS забезпечує всебічне уявлення про унікальну геномну архітектуру пухлини. Патологи порівнюють послідовності ДНК пухлини зі стандартними референсними геномами, щоб виявити клінічно значущі варіанти; це допомагає встановити діагноз, уточнити прогноз та визначити потенційні механізми резистентності, які можуть впливати на відповідь на лікування.

Лікування раку дедалі більше підбирається відповідно до індивідуальних генетичних змін, а не лише за локалізацією пухлини. NGS дозволяє виявити мішені для таргетної терапії, які можуть пропустити стандартні тести, що допомагає підібрати схвалені таргетні препарати або відповідні клінічні дослідження. Крім того, NGS може показати, чи має пухлина спадкові зміни, вказуючи на те, чи може бути корисним генетичне консультування для членів вашої родини. Це також запобігає призначенню методів лікування, які навряд чи будуть ефективними, заощаджуючи дорогоцінний час і захищаючи від непотрібних побічних ефектів.

NGS виконують на матеріалі тканини, отриманому за допомогою стандартної хірургічної біопсії або резекції пухлини, зазвичай зафіксованому в парафінових блоках. Якщо тканини недостатньо або отримати її безпечно складно, можна провести рідинну біопсію за допомогою звичайного забору крові для секвенування циркулюючої пухлинної ДНК. Отримання результатів зазвичай займає від двох до чотирьох тижнів, залежно від складності досліджуваної панелі генів.

NGS широко застосовується при багатьох злоякісних новоутвореннях, особливо при недрібноклітинному раку легень, де існує багато терапевтичних мішеней, таких як EGFR, ALK та ROS1. Метод також регулярно використовують при колоректальному раку, раку яєчників, раку грудної залози, раку передміхурової залози, меланомі та гастроінтестинальних стромальних пухлинах. При рідкісних видах раку або пухлинах невідомого первинного походження NGS часто застосовують для пошуку несподіваних терапевтичних мішеней, коли стандартні варіанти обмежені.

Результати NGS безпосередньо спрямовують вибір таргетної терапії, наприклад інгібіторів тирозинкінази або інгібіторів PARP, дібраних під конкретні зміни. Вони також визначають можливість застосування інгібіторів імунних контрольних точок за допомогою оцінки таких біомаркерів, як мікросателітна нестабільність (MSI) і мутаційне навантаження пухлини (TMB). Якщо виявляються мутації, що спричиняють резистентність до раніше застосовуваних препаратів, лікарі можуть вчасно скоригувати лікування.