Профілювання експресії генів — аналіз активності РНК пухлини

У той час як стандартне секвенування геному досліджує статичний код ДНК для виявлення постійних структурних мутацій, профілювання експресії генів оцінює динамічний транскриптом — тобто вимірює, які саме гени активно транскрибуються у функціональні молекули мРНК. Цей поточний рівень експресії відображає поведінку пухлини в режимі реального часу, вказуючи на такі біологічні процеси, як клітинна проліферація, інвазія в судини та стійкість до апоптозу.

Такі методики, як мікрочипи, кількісна полімеразна ланцюгова реакція зі зворотною транскрипцією (ЗТ-ПЛР) та секвенування РНК нового покоління (RNA-seq), аналізують пухлинну тканину, отриману під час хірургічної біопсії. Складні біоінформатичні алгоритми вираховують комплексні мультигенні шкали ризику рецидиву, розподіляючи пацієнтів за чіткими прогностичними та предиктивними групами ризику, що спрямовують вибір системної терапії.

Профілювання експресії генів має вирішальне значення для збереження тисяч пацієнтів від непотрібного токсичного лікування. Наприклад, при ранніх стадіях раку молочної залози пацієнтки з низькими показниками геномного ризику часто можуть уникнути ад'ювантної цитотоксичної хіміотерапії, безпечно отримуючи лише ендокринну терапію без погіршення показників виживаності. І навпаки, виявлення профілю експресії генів високого ризику дозволяє знайти тих пацієнтів, для яких додавання хіміотерапії до плану лікування стане життєво важливим. Такий індивідуалізований підхід гарантує, що лікування відповідає реальному біологічному ризику, а не лише розміру пухлини.

Профілювання експресії генів проводиться в сертифікованих лабораторіях молекулярної патоморфології на матеріалі пухлинної тканини, видаленої раніше під час операції або трепан-біопсії. Зазвичай тканину беруть із фіксованих у формаліні та залитих у парафін (FFPE) блоків. Лаборанти виділяють та очищують пухлинну РНК, перевіряють її якість і виконують ампліфікацію та аналіз мультигенної панелі. Остаточний звіт містить стандартизований числовий бал ризику разом із чіткою прогностичною та предиктивною інтерпретацією.

Цей аналіз є найбільш визнаним при ранніх стадіях раку молочної залози з позитивними гормональними рецепторами та негативним статусом HER2 з використанням валідованих комерційних панелей, таких як Oncotype DX, MammaPrint та Prosigna. Його також застосовують при раку товстої кишки (наприклад, Oncotype DX Colon) для оцінки ризику рецидиву при II стадії, при раку передміхурової залози (такі як Decipher та Prolaris) для вибору між активним наглядом та радикальним лікуванням, а також при меланомі шкіри.

Низький бал експресії генів дає онкологам і пацієнтам клінічну впевненість для деескалації лікування шляхом відмови від ад'ювантної хіміотерапії, що дозволяє уникнути пов'язаних із нею побічних ефектів, таких як випадіння волосся, нейтропенічні інфекції та нейропатія. Високий бал вказує на агресивну біологію пухлини, спонукаючи до рекомендації ад'ювантної хіміотерапії з наступною тривалою таргетною або ендокринною терапією. При раку простати сприятливий профіль свідчить на користь безпечного активного спостереження без необхідності негайної радикальної операції чи променевої терапії.